アリス=アナザーバイブル。死んだはずの少女は、意外な姿で再び復活した。それを目撃したインデックスは窮地に陥る。しかし、共にいたオティヌスだけは逃がし、入院中の上条当麻に危機を伝えることには成功した。オティヌスから話を聞いた上条は…。